Les amphibiens (grenouilles, crapauds, salamandres, tritons) sont des espèces menacées par la disparition et la fragmentation de leurs habitats depuis plusieurs siècles, ainsi que par la pollution, le changement climatique et l'expansion des pathologies liées à des espèces exotiques. Le drainage des zones humides et l'artificialisation des sols ont considérablement réduit les sites favorables à ces espèces.

Selon l'IUCN et ses listes rouges construites avec le Muséum d'histoire naturelle, la France compte 35 espèces d'amphibiens endémiques en métropole. Huit espèces d'amphibiens sont considérées comme menacées (soit 23%)

Ces espèces vivent et se reproduisent dans des sites aujourd'hui menacés de destruction ou d'assèchement dans le cadre de la restauration de continuité longitudinale des rivières : étangs, biefs, zones humides annexes de ces sites (sur l'intérêt de ces milieux, voir par exemple Chester et Robson 2013, Wezel et al 2014, Kirchberg et al 2016).

La continuité latérale (inondation du lit majeur) davantage que longitudinale est un enjeu de premier plan pour les amphibiens (pour la biodiversité en général). Il faut toutefois mener une réflexion à ce sujet aussi, car un facteur défavorable est la présence de poissons carnassiers. Le reprofilage par exemple des annexes hydrauliques comme frayères à brochet  ne sera ainsi pas favorable aux amphibiens qui serviront de proies. Il faut donc favoriser également au long des cours d'eau des annexes intermittentes qui ne permettent pas aux poissons d'y accéder. Telle est une des fonctionnalité des queues d'étangs et des zones humides en amont.

La protection juridique des amphibiens
Au plan du droit, l'arrêté du 19 novembre 2007 a fixé les listes des amphibiens et des reptiles protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection.

Article 2
Pour les espèces d'amphibiens et de reptiles dont la liste est fixée ci-après :
I. - Sont interdits, sur tout le territoire métropolitain et en tout temps, la destruction ou l'enlèvement des oeufs et des nids, la destruction, la mutilation, la capture ou l'enlèvement, la perturbation intentionnelle des animaux dans le milieu naturel.
II. - Sont interdites sur les parties du territoire métropolitain où l'espèce est présente ainsi que dans l'aire de déplacement naturel des noyaux de populations existants, la destruction, l'altération ou la dégradation des sites de reproduction et des aires de repos des animaux. Ces interdictions s'appliquent aux éléments physiques ou biologiques réputés nécessaires à la reproduction ou au repos de l'espèce considérée, aussi longtemps qu'ils sont effectivement utilisés ou utilisables au cours des cycles successifs de reproduction ou de repos de cette espèce et pour autant que la destruction, l'altération ou la dégradation remette en cause le bon accomplissement de ces cycles biologiques.

Urodèles
Salamandridés : 
Euprocte des Pyrénées (Euproctus asper) (Dugès, 1852). Euprocte corse (Euproctus montanus) (Savi, 1838). Salamandre noire (Salamandra atra) (Laurenti, 1768). Salamandre de Lanza (Salamandra lanzai) (Nascetti, Andreone, Capula et Bullini, 1988). Triton crêté italien (Triturus carnifex) (Laurenti, 1768). Triton crêté (Triturus cristatus) (Laurenti, 1768). Triton marbré (Triturus marmoratus) (Latreille, 1800).

Plethodontidés :
Spélerpès brun (Speleomantes [Hydromantes] ambrosii) (Lanza, 1955). Spéléomante de Strinati (Speleomantes [Hydromantes] strinatii) (Aellen, 1958).

Anoures
Discoglossidés : Crapaud accoucheur (Alytes obstetricans) (Laurenti, 1768). Crapaud sonneur à ventre jaune (Bombina variegata) (Linné, 1758). Discoglosse corse (Discoglossus montalentii) (Lanza, Nascetti, Capula et Bullini, 1984). Discoglosse peint (Discoglossus pictus) (Otth, 1837). Discoglosse sarde (Discoglossus sardus) (Tschudi, 1837).

Pélobatidés : Pélobate cultripède (Pelobates cultripes) (Cuvier, 1829). Pélobate brun (Pelobates fuscus) (Laurenti, 1768).

Bufonidés : Crapaud calamite (Bufo calamita) (Laurenti, 1768). Crapaud vert (Bufo viridis) (Laurenti, 1768).

Hylidés : Rainette verte (Hyla arborea) (Linné, 1758). Rainette méridionale (Hyla meridionalis) (Boettger, 1874). Rainette corse (Hyla sarda) (De Betta, 1857).

Ranidés : Grenouille des champs (Rana arvalis) (Nilsson, 1842). Grenouille agile (Rana dalmatina) (Bonaparte, 1840). Grenouille ibérique (Rana iberica) (Boulenger, 1879). Grenouille de Lessona (Rana lessonae) (Camerano, 1882).

Article 3 
Pour les espèces d'amphibiens et de reptiles dont la liste est fixée ci-après :
I. - Sont interdits, sur tout le territoire métropolitain et en tout temps, la destruction ou l'enlèvement des oeufs et des nids, la destruction, la mutilation, la capture ou l'enlèvement, la perturbation intentionnelle des animaux dans le milieu naturel.

Urodèles
Salamandridés : Salamandre de Corse (Salamandra corsica) (Savi, 1838). Salamandre tachetée (Salamandra salamandra) (Linné, 1758). Triton alpestre (Triturus alpestris) (Laurenti, 1768). Triton de Blasius (Triturus blasii) (de l'Isle, 1862). Triton palmé (Triturus helveticus) (Razoumowski, 1789). Triton ponctué (Triturus vulgaris) (Linné, 1758).

Anoures
Pélodytidés : Pélodyte ponctué (Pelodytes punctatus) (Daudin, 1803).

Bufonidés : Crapaud commun (Bufo bufo) (Linné, 1758).

Ranidés : Grenouille de Berger (Rana bergeri) (Günther, 1985). Grenouille de Graf (Rana grafi) (Crochet, Dubois et Ohler, 1995). Grenouille de Perez (Rana perezi) (Seoane, 1885). Grenouille des Pyrénées (Rana pyrenaica) (Serra-Cobo, 1993). Grenouille rieuse (Rana ridibunda) (Pallas, 1771).

A lire :
Guide ASPAS de protection des amphibiens
UICN, liste rouge des amphibiens et reptiles en France

Illustration : petite zone humide en contrebas d'un bief de moulin, hébergeant des amphibiens.